مجله تازه های بیوتکنولوژی سلولی - مولکولی، جلد ۱۲، شماره ۴۵، صفحات ۲۷-۳۸
عنوان فارسی بررسی تغییرهای تکاملی اسیدهای چرب و پروتئین‌های ذخیره‌ای در سه گونه Brassica با روش ژنومیکس مقایسه‌ای
چکیده فارسی مقاله سابقه و هدف: Brassica napus دارای یکی از مهمترین محصولات روغنی در جهان است که به دنبال هیبریداسیون بین گونه‌ای Brassica rapa و Brassica oleracea، تحت بازسازی گسترده ژنوم قرار گرفته است. به منظور درک تغییرات کارکردی ژنوم B. napus در طی تکامل، مقایسه بیان ژن در سه گونه Brassica انجام شد. مواد و روش‌ها: اطلاعات اولیه بذر سه کتابخانه Brassica از بانک اطلاعات دانشگاه هاروارد جمع‌آوری شد. برای پیدا کردن شباهت بین سه کتابخانه، همه توالی‌های EST با استفاده از نرم‌افزار EGassembler دسته‌بندی شدند. سپس همه کانتیگ‌ها به وسیله جستجوگر بلاست X توسط نرم افزارCLC Protein Workbench در مقابل پروتئین‌های غیر تکراری بانک ژن آنالیز شدند. برای شناسایی ژنهای با بیان متفاوت در بین کتابخانه‌ها، نرم افزارIDEG6 مورد استفاده قرار گرفت. برای دسته‌بندی کاتالوگ‌های عملکردی، ابزار طبقه‌بندی MapMan استفاده شد. یافته‌ها: مقایسه بیان ژن بین3 گونه نشان داد که 23 ژن در 5 گروه کارکردی شامل اسیدهای چرب، پروتئین‌‌های ذخیره‌ای، اسید‌های آمینه، تنظیم رونویسی و پیام‌رسانی از نظر آماری تفاوت معنی‌دار دارند. نتیجه گیری: در حالیکه B. rapa و B. oleracea بیشترین تعداد EST موثر در بیوسنتز اسید چرب اروسیک و اسید لینولنیک را رمزگذاری می‌کنند، ژنوم در B. napus به سمت تولید اسید اولئیک و اسید لینولئیک بیشتر تکامل یافته است که ممکن است به دنبال حذف و یا مضاعف شدگی ژنوم در طی تکامل ایجاد شده باشد. به علاوه، رونوشت های کروسیفرین 40 درصد کل رونوشت های پروتئین های ذخیره ای بذور را تشکیل داد. این مطالعه زمینه‌ساز انجام تحقیقات بیشتر در زمینه پیامدهای ژنتیکی پلی پلوئیدی طی تکامل در راستای به نژادی کلزا است.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله بیان ژن، برچسب‌های توالی بیان شده، گروه‌های کارکردی، هیبریداسیون، Iau Science
عنوان انگلیسی A survey of evolutionary changes of fatty acids and storage proteins in three Brassica species by comparative genomics method
چکیده انگلیسی مقاله Aim and Background: Brassica napus has one of the most important oilseed crops in the world, which has undergone extensive genome reconstruction following an interspecies hybridization of Brassica rapa and Brassica oleracea. In order to understand the functional changes of B. napus genome during the evolution, comparison of gene expression was performed in three species of Brassica. Materials and Methods: Seed preliminary data of three Brassica libraries were collected from the Harvard university database. To find similarities between three libraries, all EST sequences were assembled using EGassembler software. Then, all contigs were analyzed by X-blast using CLC Protein workbench software against nonredundant proteins of gene bank. IDEG6 software was used to identify genes with different expression between libraries. MapMan comparative classification tool was used to classify functional catalogs. Results: Comparison of gene expression between the three species showed that 23 genes in 5 functional groups including fatty acids, storage proteins, amino acids, transcriptional regulation and signaling were statistically significant. Conclusion: While B. rapa and B. oleracea encode the largest number of ESTs involved in the biosynthesis of erucic acid and linolenic acid, genome in B. napus has evolved to produce more oleic acid and linoleic acid, which may have resulted from the deletion or duplication of the genome during evolution. In addition, Cruciferin transcripts accounted for 40% of total seed storage protein transcripts. This study paves the way for further research on the genetic consequences of polyploidy during canola breeding evolution.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Gene expression, Expressed sequence tags, Functional catalogs, Hybridization, Iau Science
نویسندگان مقاله شادی حیدری | Shadi Heidari
Department of Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran.
گروه اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران.

پیوند حیدری | Peivand Heidari
Department of Plant Breeding, Faculty of Agriculture, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran.
گروه اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران.

بهارک حیدری | Baharak Heidari
Department of Computer Engineering, Faculty of Engineering, Kermanshah Branch, Islamic Azad University, Kermanshah, Iran
گروه مهندسی کامپیوتر، دانشکده فنی و مهندسی، واحد کرمانشاه، دانشگاه آزاد اسلامی، کرمانشاه، ایران

نشانی اینترنتی http://ncmbjpiau.ir/browse.php?a_code=A-10-1726-2&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک
نوع مقاله منتشر شده مقاله پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات