پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۱۱، شماره ۲۸، صفحات ۰-۰

عنوان فارسی بررسی عملکرد پروتئین‌های پیش بینی شده از داده‌های RNA-Seq در گاوهای نژاد هلشتاین و کلیستانی
چکیده فارسی مقاله    پژوهش حاضر به­ منظور تعیین نیم‌رخ بیانی عددی ژن‌های متفاوت بیان شده در نژادهای هلشتاین و کلیستانی و همچنین بررسی عملکرد پروتئین‌های پیش ­بینی شده از ژن‌های متفاوت بیان شده بین دو نژاد مذکور با استفاده از داده‌های RNA-Seq انجام شد. به­ این­ منظور، توالی کل mRNA برای نمونه‎ای از جمعیت گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق هم ردیفی و مکان­ یابی خوانش­ های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو بدست آمد و سپس تعیین نیم‌رخ بیانی عددی ژن‌های متفاوت بیان شده انجام شد. نتایج نشان داد تعداد 24616 ژن و 26716 ایزوفرم بر روی ترانسکریپتوم این دو نژاد وجود دارند در این میان تعداد 41 ژن شناسایی شدند که تفاوت بیانی بسیار بالا و معنی‌داری را نشان دادند (000015P<). همچنین به­ طور کلی مشخص شد تقریباً یک سوم ژن‎هایی که عملکردشان که بین دو نژاد تغییر می‎کند کد کننده آنزیم‎های هیدرولاز هستند و پنج مورد از پروتئین‎های پیش­بینی شده از جمله پروتئین‎های FOS Fos proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit،The vhl-elonginc-elonginb structure، Transcription factor FosB/JunD bZIP domain،T yeast U2AF complex Pseudomonasaeruginosa transcriptional regulator PA2196 و zif268 zinc finger-dna complex در تنظیم رونویسی و بیان ژن‎ها و ویرایش RNA دخیل هستند. بررسی میان‏کنش شبکه‏ای بین پروتئین‌های پیش ­بینی شده از ژن‌های متفاوت بیان شده نشان داد که پروتئین ‏های پیش بینی شده در مسیرهای مختلفی مانند مسیر پیام‏ دهی TNF، عفونت سالمونلایی، مسیر پیام‏ دهی‏ MAPK و آرتریت روماتوئید دخالت دارند. همچنین بررس ی­ها نشان داد نژاد هولشتاین و کلیستانی به­ علت قرار گرفتن در شرایط محیطی متفاوت و فاصله تکاملی، توانسته ‏اند با شرایط پیرامونی به­ خوبی سازگار شوند و این هماهنگی در سطح مولکولی از میزان بیان شدن ژن‏ های اختصاصی یافت شده در این پژوهش کاملاً قابل مشاهده است. از دلایل تأیید کننده این پیشنهاد می‏توان به نقش بیشتر سامانه ی ایمنی در نژاد کلیستانی اشاره نمود که به­ علت قرار گرفتن در محیطی با آلودگی بالاتر در مقایسه با نژاد هلشتاین، میزان بیان پروتئین‏ های دارای خاصیت باکتریوسایدی (Cathelicidin 1) در آن بالا رفته و در نتیجه فعالیت سامانه‎ی ایمنی در آن افزایش یافته است. همچنین در این پژوهش مشخص شد که ژن IL1B بیشترین درجه تعامل ژن-دارو را با داروی Canakinumab دارد. نتایج این پژوهش نشان می‌دهد که در مقایسه‌های بین نژادی، نگاه دقیق به فعالیت پروتئین‌هایی که توسط ژن‌های متفاوت بیان ایجاد می‌شوند می‌تواند تفاوت نژادی در سطح ملکولی را بهتر توضیح دهد.    
کلیدواژه‌های فارسی مقاله گاو هلشتاین،RNA-Seq ، ایزوفرم، شبکه برهم کنش پروتئینی

عنوان انگلیسی Investigating the Function of Predicted Proteins from RNA-Seq Data in Holstein and Cholistani Cattle Breeds
چکیده انگلیسی مقاله    This study was performed to determine the digital expression profile of different genes expressed in Holstein and Cholistani breeds as well as to evaluate the performance of predicted proteins derived from differentially expressed genes between these two breeds using RNA-Seq data. For this purpose, the whole mRNA sequence for a sample of American Holstein and Pakistani Cholistani cattle populations was obtained and by sequencing and locating RNA-Seq reads on the bovine reference genome and determining the digital expression profile, the differentially expressed genes were obtained. The results of this study showed that there were 24616 genes and 26716 isoforms on the transcriptome of these two breeds, out of which, 41 genes were identified with substantial and significant differential expression (P < 0.000015). It was also found that approximately one-third of genes whose functions is altered accros two breeds, encode hydrolase enzymes, five of the predicted proteins, FOS Fos proto-oncogene proteins, AP-1 transcription factor subunit, the vhl-elonginc-elonginb structure, transcription factor FosB/ JunD bZIP domain, T yeast U2AF complex pseudomonas aeruginosa transcriptional regulator PA2196 and zif268 zinc finger-dna complex that are involved in transcriptional regulation and RNA editing. Investigation of network interactions between predicted proteins from differentially expressed genes showed that predicted proteins are involved in different pathways such as TNF signaling pathway, Salmonella infection, MAPK signaling pathway and rheumatoid arthritis. Overall, these two breeds were found to be well-adapted to environmental conditions due to different environmental conditions and evolutionary distance and this coordination at the molecular level of the expression of specific genes was found in this study. One of the reasons supporting this is the greater role of the immune system in the Cholistani breed due to its higher exposition to contamination than the Holstein breed that led the expression of bactericidal proteins (Cathelicidin 1) was up regulaged, as a result, the activity of the immune system might be improved. The study also found that the IL1B gene had the highest degree of gene-drug interaction with Canakinumab drug.The results of this study indicate that in breed comparisons, a close look at the activity of proteins produced by different genes could better explain breed differences at the molecular level.  
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله

نویسندگان مقاله مصطفی قادری زفره ایی | Mostafa Ghaderi-Zafrehei
Department of Animal Science, Yasouj University, Yasouj, Iran
گروه علوم دامی، دانشگاه یاسوج، یاسوج، ایران

آزاده ترابی | azadeh torabi
Department of Agriculture, Payame Noor University, Tehran, Iran
گروه کشاورزی، دانشگاه پیام نور، تهران، ایران

محمد اسماعیل پور | Mohammad Esmaeilpour
Ahar Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Tabriz, Ahar, Iran
دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر، دانشگاه تبریز، اهر ، ایران

مینا سلیم پور | Mina Salimpour
Department of Animal Science, Faculty of Agriculture and Natural Resources, University of Guilan, Rasht, IRAN
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه گیلان، رشت، ایران

محمدحسین بناءبازی | Mohammad Hossein Bonabazi
Department of Biotechnology, Animal Science Research Institute of IRAN (ASRI), Agricultural Research, Education & Extension Organization (AREEO), Karaj, IRAN
بخش پژوهشهای بیوتکنولوژی، موسسه تحقیقات علوم دامی کشور،سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران


نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1469-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات