این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۹، شماره ۲۰، صفحات ۸۸-۹۹
عنوان فارسی کاوش ژنومی نشانه های انتخاب در گاوهای بومی نژاد سرابی و تالشی ایران
چکیده فارسی مقاله      هدف این مطالعه پیدا کردن نشانه­های انتخاب در گاو­هابی بومی سرابی و تالشی بود، تعداد 296 راس گاو از دو نژاد سرابی و تالشی نمونه برداری و تعیین ژنوتایپ با ریزآرایه k 40 شرکت ایلومینا انجام شد. تعداد 43 دام به ­دلیل عدم کسب شاخص نرخ حیوانات ژنوتیپ شده (ACR) برابر با  09/0 حذف شدند. تعداد نشانگرها بعد از گذراندن فیلتر حداقل فراوانی آللی (MAF) برابر با 01/0 و تعادل هاردی واینبرگ (برابر6-10) به 28782 نشانگر رسید. جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ­ها و خرده ساختار جمعیتی از آنالیز مؤلفه­ های اصلی (PCA) استفاده شد. برای شناسایی نشانه­ های انتخاب در جمعیت خالص سرابی و تالشی شناسایی شده با PCA، آماره تتا محاسبه شد. جهت کاهش اریب مقادیر تتای محاسبه شده با روش میانگین­ گیری نشانگرهای مجاور، گراف منهتن توسط نرم ­افزار Haploview بدست آمد که کروموزوم­های 2، 5، 6، 7، 10، 22، 25 ،27 دارای نشانه انتخاب بودند. برای جستجوی نشانه­های انتخاب در هر دو جمعیت از آماره هموزیگوسیتی توسعه داده شده (EHH) و میزان شکستگی LD برای آلل اجدادی و جهش یافته برای هر کروموزوم از نرم­ افزار R استفاده شد بررسی شد. برای مطالعه بیشتر جایگاه­هایی که نشانه­ های انتخاب را نشان دادند وب سایت­های بیوانفورماتیکی مورد جستجو قرار گرفت. در کروموزوم 2 ژن EIF4G3 شناسایی شد. این ژن در انتقال RNA از هسته به سیتوپلاسم نقش اساسی در بیان ژن دارد. در کروموزم 6 ژن ANK2 شناسایی شد که پلی پپتید آنکیرین B را رمز می­ کند و در تمام بافت­ ها بیان می­ شوند. در کروموزم 7 ژن ARHGAP26 شناسایی که به­ عنوان ژن سرکوب گر تومور گزارش شده است. در کروموزم 10 ژن کدکننده پروتیین SYNJ2BP شناسایی شد که متوقف کننده سیگنالینگ اکتیوین می ­باشد. در کروموزوم 22 ژن کد کننده پروتیین FAM3D که در مسیر بیوشیمیایی تنظیم سیتو اسکلتون اکتین فعالیت دارد شناسایی شد. این ژن بیشتر در جفت بیان شده و بر عملکرد­های بیولوژیکی مانند مهاجرت و عملکرد لکوسیت، تنظیم درجه حرارت، بقای سلول و تمایز خون­سازی نقش دارد.    
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Genome-Wide Scan for Selection Signatures in Iranian Sarabi and Taleshi Indigenous Breed
چکیده انگلیسی مقاله The aim of this study was to find the footprint of selection in native Sarabi and Taleshi cattle breeds 296 cattle from two breeds were sampled and genotyped. by 40 k microarray of illumine company. 43 animals were removed because their ACR was below 0.09. Markers were filtered with minor allele frequency (MAF) equal 0.01 and Hardy-Weinberg equilibrium test (10-6). After filtering, 28782 markers remained. To study the genetic structure of population and sub-population principal component analysis (PCA) was used. To identify selective signals for Sarabi and Taleshi pure population theta parameter was calculated. To reduce error theta values was averaged with near marker and Manhattans graph were obtained by haploview software. Chromosomes 2, 5, 6, 7, 10, 22, 25 and 27 had selection signatures. To searching for selection signatures in both population, extended haplotype homozygosity statistics (EHH) was calculated using R software. In addition, for each chromosome LD erosion rate for ancestral and mutant alleles were calculated. To study of positions that showed signature selection, bioinformatics web site were searched. EIF4G3 gene was identified on chromosome 2. This gene have fundamental role in transfering RNA from nucleus to the cytoplasm and gene expression. ANK2 gene was identified on chromosome 6 which encodes polypeptide ankirin B expressed in all tissues. On chromosome 7 the gene ARHGAP26 was found which is a tumor suppressor genes. On chromosome 10, a gene identified that encodes protein SYNJ2BP that suppress activing protein. On chromosome 22, FAM3D protein coding gene detected that plays a role in cyto sckeleton actin biochemical pathway. This gene is expressed in the placenta and plays a role in biological functions such as migration and function of leukocyte, temperature regulation, cell survival and hematopoiesis differentiation.    
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله ماکان موسوی کاشانی | Makan mosavi kashani
Department of animal science
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

قدرت رحیمی میانجی | Ghodrat Rahimi mianji
Department of animal science
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری

حسین مرادی شهربابک | Hossein Moradi shahrbabak
Department of animal science of University of Tehran
دانشگاه تهران، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-185-7&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1370/article-1370-921295.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات