این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری گیاهان زراعی، جلد ۸، شماره ۲۱، صفحات ۱۷-۳۵
عنوان فارسی شناسایی، طبقه بندی و آنالیز بیان بیوانفورماتیکی خانواده ژنی عوامل نسخه برداری NAC در ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex
چکیده فارسی مقاله خانواده ژنی NAC یک خانواده بزرگ عوامل نسخه‌برداری اختصاصی گیاهی است که نقش‌های متنوعی در مراحل نمو گیاهی و پاسخ به تنش‌ها ایفا می‌کند. با تکمیل پروژه توالی‌یابی ژنوم Hordeum vulgare cv. Morex امکان مطالعات بیوانفورماتیکی خانواده ژنی NAC در جو فراهم گردید. در این پژوهش با استفاده از پایش ژنومی، در کل 73 ژن غیرتکراری رمزکننده NAC در توالی‌های ژنومی Hordeum vulgare cv. Morex شناسایی شد. یک درخت تبارشناسی مرکب با توالی‌های پروتئینی HvNAC و تعدادی از توالی‌های پروتئینی NAC شناخته‌شده برنج و آرابیدوپسیس ترسیم شد و آنها به 15 زیرگروه مشخص طبقه‌بندی شدند. مشخص شد که پراکنش ژن‌های HvNAC روی کروموزوم‌های جو غیریکنواخت است. بیشتر ژن‌های NAC به‌صورت انفرادی قرار گرفته‌اند و معدودی از آنها با دو یا سه ژن خوشه‌بندی شده‌اند. بیشتر عناصر cis ردیابی‌شده در نواحی بالادست و پایین‌دست ژن‌های HvNAC در پاسخ به نور، پاسخ به تنش‌های غیرزیستی و به مقدار نسبتاً اندک در پاسخ به تنش-های زیستی دخیل هستند. در آنالیز in silico بیان ژن، ژن‌های HvNAC در دامنه گسترده‌ای از بافت‌های مختلف بیان شدند و در مراحل نموی به-طور عمده بیان نشدند، همچنین، ژن‌های HvNAC در شرایط تنش غیرزیستی تا حدودی و به مقدار نسبتاً کمتر در تنش‌های زیستی بیان شدند. این اطلاعات بیوانفورماتیکی چارچوبی برای مطالعات ژنومی و عملکردی این خانواده ژنی در جو فراهم می‌کند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Identification, classification and bioinformatics expression analysis of NAC transcription factor gene family in Hordeum vulgare cv. Morex genome
چکیده انگلیسی مقاله NAC gene family is one large family of plant-specific transcription factor that plays various roles in plant developmental stages and stress responses. The possibility of bioinformatics studies on NAC gene family in barley was provided with completion of the genome sequencing of Hordeum vulgare cv. Morex project. In this research using genome scanning, 73 non-redundant NAC-encoding genes in total were identified from the genomic sequences of Hordeum vulgare cv. Morex. A composite phylogenetic tree was constructed with HvNAC protein sequences and a number of known rice and Arabidopsis NAC protein sequences and tree was classified into 15 distinct subgroups. It is revealed the uneven distribution of the HvNAC genes on barley chromosomes. Most members of NAC genes were not located in groups (singletons) and few members of this family were located in groups with two or three genes. Most detected cis elements in upstream and downstream of HvNAC genes were involved in response to light, response to abiotic stresses and relatively low in response to biotic stresses. In silico gene expression analysis revealed that HvNAC genes were expressed in a wide range of tissues and is not highly expressed in developmental stages. Also, the HvNAC genes partly is expressed in stress conditions, especially in abiotic stresses and relatively less expressed in biotic stresses. This bioinformatics information provide a framework for genomics and functional studies of this gene family in barley.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله سارا دژستان |
دانشیار گروه زراعت و اصلاح‌نباتات، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل

مهدی بهنامیان |
استادیار گروه علوم باغبانی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل

سحر فتحی اجیرلو |
دانش‌آموخته کارشناسی‌ارشد بیوتکنولوژی دانشگاه پیام نور، تهران

محمدعلی ابراهیمی |
دانشیار گروه بیوتکنولوژی، دانشگاه پیام نور، تهران

بنیامین یزدانی |
دانش‌آموخته دکتری ژنتیک مولکولی دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل

نشانی اینترنتی http://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_4886_f8e8f507c82f3dfeb0d37db5bfd576a2.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/900/article-900-811203.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات