مجله علوم پزشکی رازی، جلد ۲۲، شماره ۱۳۸، صفحات ۴۵-۵۱
عنوان فارسی شناسایی ژن‌های مرتبط با بقا در سرطان کلیه با استفاده از روش مؤلفه‌های اصلی لاسو
چکیده فارسی مقاله زمینه و هدف: یافتن ژن‌های مرتبط با بقا بر مبنای داده‌های بیان ژن، یک کاربرد مهم داده‌های ریزآرایه می‌باشد. هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن‌های مرتبط با بقای بیماران مبتلا به سرطان متعارف سلول‌های کلیوی با استفاده از داده‌های بیان ژن حاصل از ریزآرایه است. روش کار: این مطالعه از نوع تحلیل بقای داده‌های ابعاد بالا است. 177 نمونه بیمار مبتلا به سرطان متعارف سلول‌های کلیوی (conventional Renal Cell Carcinoma: cRCC) و برای هر فرد 14814 ژن مورد بررسی قرارگرفته است. برای تشخیص ژن‌های مرتبط با بقا از روش مؤلفه‌های اصلی لاسو (Lassoed Principal Components: LPC) استفاده شده است که از اطلاعات بیان همه ژن‌ها برای محاسبه امتیاز یک ژن استفاده می‌نماید. در نهایت برای تعیین تعداد ژن‌های معنادار از معیار نرخ تشخیص کاذب (False Discovery Rate: FDR) استفاده شده است. تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از نرم‌افزار R انجام شده است. یافته‌ها: بر اساس یافته‌های این مطالعه استفاده از نقطه برش 001/0 برای معیار FDR و بررسی 1041 ژن مرتبط با وضعیت بقای بیماران cRCC که به ترتیب اهمیت قدر مطلق امتیازهای LPC بالاتری دارند، امکان بروز کمترین خطا را فراهم آورده است. نتیجه‌گیری: در این پژوهش پس از رتبه‌بندی ژن‌ها توسط امتیاز LPC برحسب میزان تغییرات بیان مرتبط با وضعیت بقای بیماران cRCC، 11 ژن از مهم‌ترین ژن‌های مرتبط با بقا شناسایی شدند. امتیازهای LPC این 11 ژن منفی هستند بنابراین با افزایش بیان این ژن‌ها بقای بیماران cRCC افزایش یافته است و به عبارت دیگر افزایش بیان این ژن‌ها فاکتورهای محافظتی این بیماران به شمار می‌آیند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله داده ابعاد بالا، ریزآرایه، بیان ژن، تحلیل بقا
عنوان انگلیسی Identification of related genes with survival in renal carcinoma by using lassoed principal components method
چکیده انگلیسی مقاله Background: Identification of correlated genes with survival by gene expression data is an important application of microarray data. The purpose of this study is to identify correlated genes with survival of conventional renal cell carcinoma (cRCC) patients based on gene expression profiles. Methods: This study is a survival analysis with high dimensional covariates and containing 14814 gene expression measurements from 177 patients with cRCC. Lassoed principal components (LPC) method is used for identification associated genes with survival. LPC score uses information of all of gene expressions for computation a gene score. Finally False Discovery Rate (FDR) method is used to identify significant genes. Statistical analysis is done with using the R software. Results: The lowest error is satisfied with using the cutoff 0.001 for FDR criteria and with studying 1041 related genes with survival of cRCC patients. Conclusion: 11 genes are identified as most significant genes with survival of cRCC patients, after ranking the genes with their LPC scores with regard to their differentially expressions. The LPC scores of these 11 genes are negative, so increase of these gene expressions are related to increase of the survival of cRCC patients and in the other words the increase of these gene expressions are protective factors in cRCC patients
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله مریم السادات دهقانی | maryam dehghani
msc of biostatistics, tehran university of medical sciences, tehran, iran
دانشجوی کارشناسی ارشد آمار زیستی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی تهران (Tehran university of medical sciences)

محمودرضا گوهری | mahmood reza gohari
associate professor of biostatistics, iran university of medical sciences, tehran, iran
دانشیار، گروه آمارزیستی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی ایران، تهران، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی ایران (Iran university of medical sciences)

سهیلا خداکریم | soheila khodakarim
assistant professor of biostatistics, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iran
استادیار، گروه آمار زیستی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی (Shahid beheshti university of medical sciences)

نشانی اینترنتی http://rjms.iums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-1771&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده آمار زیستی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات