این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
ارمغان دانش، جلد ۱۴، شماره ۴، صفحات ۱۲-۲۲
عنوان فارسی ارزیابی روش Touchdown Nested PCR برای جلوگیری از اتصالات غیر اختصاصی و افزایش اختصاصیت در تکثیر ژنی ویروس های نقص ایمنی انسان و هپاتیت جی
چکیده فارسی مقاله مقدمه و هدف: یکی ازپارامترهای مهمی‌که درواکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز آشیانه‌ای برای بهینه‌سازی می‌توان در نظر گرفت، دمای دورگه شدن پرایمر با DNA الگو میباشد. یکی از تغییرات صورت گرفته در روش واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز معمولی استفاده از روش Touchdown PCR است که بر خلاف برنامه واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز معمولی و استاندارد که از یک دمای اتصال ثابت برای تکثیر توالی استفاده می‌شود، در این روش محدوده‌ای از درجه حرارت‌های اتصال استفاده می‌شود. مطالعه حاضر به منظور ازریابی کارایی روش Touchdown Nested PCR برای جلوگیری از اتصالات غیر اختصاصی و افزایش اختصاصیت در تکثیر ژنی طراحی و انجام شد. مواد و روش‌ها: این یک مطالعه تجربی است که طی سال‌های 1388 ـ 1387 در دانشگاه تربیت مدرس انجام شد. نمونه‌های جمعیت مورد بررسی در این مطالعه، 35 مورد پلاسمای بیماران آلوده به ویروس هپاتیت جی و 35 مورد پلاسمای بیماران آلوده به ویروس نقض ایمنی انسان بودند . بعد از استخراج اسید نوکلئیک، طراحی پرایمرهای مورد نظر برای دو ویروس نقص ایمنی انسان و هپاتیت جی و ساخت cDNA ، روش واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز آشیانه‌ای به دو صورت استاندارد و Touchdown بر روی نمونه‌های کنترل مثبت و منفی انجام شد. یافته‌ها: در تمامی ‌نمونه‌های مثبت باند مورد نظر مشاهده شد، در حالی که در هیچ یک از نمونه‌های کنترل منفی انسانی و ویروسی هیچ باندی مشاهده نشد. در نمونه‌های مثبت با روش استاندارد، پس از الکتروفورز محصولات واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز، باندهای غیر اختصاصی به ویژه در نمونه‌های ویروس نقص ایمنی انسان و به مقدار کمتری در نمونه های ویروس هپاتیت جی مشاهده شد. پس از اجرای پروسه Touchdown میزان باندهای ناخواسته و غیر اختصاصی، تا حد زیادی کاهش یافت و یا کاملاً حذف شد. نتیجه‌گیری: در مطالعه حاضر علی‌رغم شکل‌گیری باندهای ناخواسته در واکنش استاندارد، با اجرای پروسه Touchdown باندهای اضافی بدون این که اثر منفی در میزان محصول نهایی ایجاد شود، به میزان قابل توجهی کاهش یافتند. با توجه به سادگی این روش و نیز عدم ایجاد هزینه و مراحل کاری اضافی به نظر می‌رسد که استفاده از این پروتکل برای بهینه‌سازی سریع واکنش‌های زنجیره‌ای پلی‌مراز، روشی منطقی و به صرفه باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Evaluation of Touchdown Nested PCR to Circumvent Spurious Priming and Increase Specificity during HIV and GBV-C Gene Amplification
چکیده انگلیسی مقاله Introduction & Objective: Primer-Template hybridization temperature is one of the important parameters in Nested PCR optimization. Unlike instant temperature for sequence amplification in routine PCR process, Touchdown PCR is a modified form of standard PCR that employs a range of annealing temperature. This study intended to develop a Touchdown Nested PCR in order to circumvent spurious priming and enhancing specify during gene amplification. Materials & Methods: This is an experimental study conducted at Tarbiat Modarres University of Tehran during 2008-2009. Study samples were collected from Digestive Diseases Research Centre- at Shari'ati Hospital and HIV research center – Imam Khomeini Hospital. After extracting the nucleic acid, primer designing for HIV and GBV-C and c-DNA synthesis Nested PCR was performed on negative and positive samples using standard and touchdown protocols. Results: The intended band was observed in all positive samples. No band was observed in any human and viral negative control samples. After electrophoresis of PCR products, non specific band were seen in HIV and GBV-C samples during standard PCR. Using the touchdown protocol, undesirable bands were omitted or significantly decreased. Conclusion: In the present study, despite the formation of uncalled bands in standard reaction using the touchdown method led to omission of non-specific bands without any significant effect on the final products. As for its simplicity, cost and time saving, it seems that using this method is a rational and economical way for fast optimization of PCR reactions.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله شهاب فلاحی | sh falahi


مهرداد روانشاد | m ravanshad


عذرا کنارکوهی | o kenarkohi


رضا قنبری | r ghanbari


محبوبه حاجی عبدالباقی | m haji abdolbaghi


نشانی اینترنتی http://armaghanj.yums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-414&slc_lang=fa&sid=en
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده تخصصی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات