این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۸، شماره ۱۷، صفحات ۱۸۴-۱۹۳
عنوان فارسی بررسی ساختار جمعیتی گاوهای بومی ایران با استفاده از تحلیل افتراقی مؤلفه‌های اصلی
چکیده فارسی مقاله
مدیریت مؤثر منابع ژنتیکی در دام­های اهلی مبتنی بر شناخت ساختار و تنوع ژنتیکی جمعیت­ها است. به کارگیری داده­های حجیم ژنومی جهت شناسایی ارتباط ژنتیکی میان جمعیت­ها نیازمند استفاده از روش­هایی است که ابعاد و پیچیدگی این داده­ها را کاهش دهند. هدف از تحقیق حاضر استفاده از روش تحلیل افتراقی مؤلفه‌های اصلی جهت بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران بر اساس داده­های حاصل از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی بوده است. تعداد 90 رأس گاو از هشت جمعیت مختلف از گاوهای بومی کشور شامل نژادهای سرابی، سیستانی، کردی، کرمانی، مازندرانی، تالشی، نجدی و پارس مورد نمونه­برداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونه­ها با استفاده از Illumina BovineHD SNP chip  شامل 777962 جایگاه SNP انجام گرفت. فواصل ژنتیکی میان نژادهای مختلف بر اساس تفاوت در فراوانی­های آللی جمعیت­ها تعیین شد. تحلیل افتراقی مؤلفه‌های اصلی به کمک بسته adegenet در نرم­افزار R بر روی داده­ها اجرا شد. دو نژاد پارس و کرمانی کمترین فاصله ژنتیکی را در بین نژادهای مورد بررسی داشتند و بیشترین فاصله ژنتیکی میان دو نژاد کردی و سیستانی مشاهده شد. تعداد سه خوشه ژنتیکی بر اساس روش K-means به عنوان مناسب­ترین تعداد گروه­ استنتاج شده جهت اجرای تحلیل افتراقی مؤلفه‌های اصلی مورد انتخاب قرار گرفت. نتایج این تحقیق وجود سه گروه ژنتیکی عمده را در بین گاوهای بومی ایران ثابت کرد. جمعیت­های مازندرانی و تالشی در انطباق با توزیع جغرافیایی این نژادها، در خوشه یکسانی قرار گرفتند. همچنین، نژادهای پراکنده شده در مناطق کوهستانی شمال غرب کشور (سرابی و کردی) و نژادهای مناطق جنوبی کشور (سیستانی، کرمانی، پارس و نجدی) دو گروه ژنتیکی متمایز دیگر را تشکیل دادند. تحلیل افتراقی مؤلفه‌های اصلی به خوبی توانست موجب تفکیک گروه­های ژنتیکی مرتبط با افراد نژادهای مختلف شود. ساختار ژنتیکی شناسایی شده در پژوهش حاضر می­تواند در طراحی برنامه­های حفاظت ژنتیکی برای گاوهای بومی ایران به کار گرفته شود. 
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Investigation of the Population Structure in Iranian Native Cattle using Discriminant Analysis of Principal Components
چکیده انگلیسی مقاله Effective management of genetic resources in the domestic animals is based on characterization of genetic structure and diversity among populations. Strategies reducing complexity and dimensions of data are required to analyze the genetic relationships between populations based on dense genomic data. The objective of this study was to use the discriminant analysis of principal components (DAPC) for investigating the genetic structure of the Iranian native cattle based on a high-density single nucleotide polymorphism data. Samples were genotyped using Illumina BovineHD SNP chip containing 777962 SNPs. Genetic distances among different breeds were determined based on allele frequencies of populations. Discriminant analysis of principal components was performed using "adegenet" package in the R software. Pars and Kermani breeds had the lowest genetic distances among studied breeds and the highest genetic distances were observed between Kurdi and Sistani breeds. Three numbers of genetic clusters were selected as the best number of inferred groups to perform discriminant analysis of principal components. Results from this study confirmed that there were three main genetic groups among Iranian native cattle. In accordance with geographical distribution, Mazandarani and Taleshi breeds were classified as the same cluster. In addition, other two distinct genetic groups included breeds distributed on the North West mountainous area of the country (Sarabi and Kurdi) and those can be found in the Southern area (Sistani, Kermani, Najdi and Pars). Discriminant analysis of principal components could well distinguish individuals from different genetic groups. Genetic structure identified in the current study can be applied to design the genetic conservation programs for Iranian native cattle.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله کریم کریمی | karim karimi


نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-243&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1370/article-1370-563225.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده تخصصی
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات