این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
علوم دامی ایران، جلد ۴۸، شماره ۲، صفحات ۱۵۳-۱۶۱
عنوان فارسی مقایسه روش‌های PCA و DAPC در تجزیه‌وتحلیل ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران با تراشه‌های اسنیپ ۹۰k
چکیده فارسی مقاله اطلاع از ساختار ژنتیکی جمعیت دام‌ها در راستای اجرای بهتر برنامه­های اصلاح نژادی و حفظ ذخایر ژنتیکی آن‌ها بسیار ارزشمند است. داده‌های ژنگانی (ژنومی) فرصتی برای حل پیچیدگی تاریخچه تکاملی جمعیت­ها و بازسازی رویدادهای تاریخی نادر، را فراهم می­آورند. در این پژوهش برای ارزیابی ساختار جمعیتی گاومیش‌های ایران روش‌های تجزیه‌وتحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) و تجزیه‌وتحلیل جداسازی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) اجرا شد. از شمار 404 گاومیش از سه نژاد شمالی، آذری و خوزستانی خون‌گیری شد و تعیین ژنوتیپ با تراشه‌های اسنیپ 90k توسط شرکت پادانو در کشور ایتالیا انجام شد. نتایج به‌دست‌آمده از تجزیه مؤلفه­های اصلی و تجزیه جداسازی مؤلفه­های اصلی، جداسازی سه نژاد را به‌خوبی نشان داد و هر دو تصویر آشکاری از ساختار ژنتیکی جمعیت‌های مورد بررسی را نشان دادند. در روش DAPC، برای ارزیابی شمار بهینه خوشه با معیار ارزیابی BIC، K=3 بهترین نتیجه را نشان داد. نتایج اعتبارسنجی متقابل برای نگه‌داشتن شمار مؤلفه اصلی بهینه برای تجزیه‌وتحلیل تشخیصی، 50 مؤلفه اول MSE کمتری نسبت به مؤلفه­های دیگر داشت. در این بررسی روش DAPC احتمال‌ عضویت افراد جمعیت‌ها را با درستی 100 درصد پیش‌بینی کرد ولی روش­ PCA قادر به ارزیابی گروه‌ها نبوده و برای به دست آوردن تصویر روشن از واریانس بین جمعیت‌ها DAPC مناسب‌تر از PCA عمل می­کند. روش DAPC در بررسی ساختار جمعیتی  نسبت به روش PCA به دلیل افزایش واریانس بین گروه­ها و کاهش واریانس درون گروه­ها و همچنین ارائه تصویر آشکاری از ساختار جمعیتی کارآمد بود و می­تواند در کنترل کیفیت و تصحیح لایه‌بندی جمعیتی در بررسی‌های ارتباطی جایگزینی برای PCA باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله تراشه‌های اسنیپ، ساختار جمعیتی، گاومیش، PCA، DAPC،
عنوان انگلیسی Comparison of PCA and DAPC methods for analysis of Iranian Buffalo population structure using SNPchip90k data
چکیده انگلیسی مقاله Understanding of population genetic structure is valuable for better implementation of breeding programs and most importantly, preservation of genetic resources. Genomic data provide an opportunity to consider complex evolutionary history of populations and reconstruct rare historical events. In this research, the structure of Iranian buffalo populations was studied by using principal component analysis and discriminant analysis principal component methods. For this purpose, the number of 404 buffalos from three breeds including North, Azari and Khozestani were sampled and genotyped by SNPChip 90k from Padano Company in Italy. The results of principal component analysis and discriminant analysis principal component showed a clear picture of the genetic structure of the studied populations. Assessing the optimal number of clusters with criteria BIC, K = 3 by the DAPC method showed the best results. The result of cross-validation for retaining principal components was optimized to 50 first components that showed the lowest MSE. In this study, DAPC predicted assignment of individuals to clusters and membership probabilities with 100% accuracy. PCA method was not able to provide a group assessment and DAPC method outperformed than PCA in achieving a clear variance difference between populations. DAPC method can be applied in quality control and stratification population correction of GWAS as an alternative to the PCA because of summarizing the genetic differentiation between groups and overlooking within-group variation and providing better population structure.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Buffalo, DAPC, PCA, SNPChip, structure population
نویسندگان مقاله زهرا عزیزی |
دانشجوی سابق دکتری ژنتیک و اصلاح دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تبریز (Tabriz university)

حسین مرادی شهر بابک | moradi shahrbabak
استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

محمد مرادی شهر بابک | moradi shahrbabak
استاد گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران، کرج
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (Tehran university)

نشانی اینترنتی http://ijas.ut.ac.ir/article_63029_c1b19aa61aa42b063b4fe5c51a84d643.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/954/article-954-435273.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات