این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری، جلد ۱۶، شماره ۲، صفحات ۹۱-۱۰۴
عنوان فارسی طراحی RNA راهنما به منظور تشخیص سالمونلا تیفیموریوم مبتنی بر کریسپر-Cas۱۲
چکیده فارسی مقاله
روش‌های شناسایی مبتنی برکریسپر، به عنوان یک رویکرد تحول آفرین درجهت تشخیص ژن‌های پاتوژن‌ها مورداستفاده قرار میگیرد. دراین راستا اولین گام طراحیRNA راهنما (gRNA) بااستفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی است. gRNA  در سیستم‌های کریسپری جزئی است که منجر به شناسایی هدف، استقرار کمپلکس کریسپری روی آن و فعال شدن عملکرد برشی Cas می‌گردد. هدف از تحقیق حاضر طراحی gRNA برای شناسایی سه ژن invA، fimA و fimY از سالمونلا تیفیموریوم به منظور استفاده در کیت تشخیص این باکتری است. در این تحقیق از دو نرم افزار chop chop (ورژن 3) و cas designer (ورژن 2016) برای این طراحی استفاده شد و ساختار ثانویه توالی های طراحی شده توسط نرم افزار RNA Fold بررسی گردید. با توجه به برنامه ریزی جهت تکثیر اولیه ژن مورد نظر با روش ایزوترمال LAMP، پرایمرهای مربوطه توسط ابزار برخط NEB LAMP Primer Designer طراحی شد. همچنین طراحی RNA راهنما با در نظر گرفته شدن پروتئین Cas12a به منظور استفاده در کمپلکس کریسپر، انجام گرفت. برای اطمینان بیشتر از طراحی صورت گرفته، توالی بدست آمده از دو نرم افزار با یکدیگر مقایسه و نتایج با بهره گیری از پایگاه‌ داده  RNA Fold، تفسیر شدند تا بهترین توالی برگزیده گردد. در نهایت برای هر کدام از اهداف ژنی، بهترین توالی‌ انتخاب و برای مسیر تشخیصی بعدی مبتنی بر LAMP و کریسپر-Cas12، پیشنهاد داده شد. درنتیجه با استفاده از مطالعات شبیه سازی در طراحیgRNA  و با به‌کارگیری توالی‌ های حاصله، تشخیص ژنوم پاتوژن در غذاهای آلوده، بصورت دقیق و بدون جواب مثبت کاذب، قابل حصول است.
 
کلیدواژه‌های فارسی مقاله RNA راهنما،سالمونلا،کریسپر،تشخیص ایزوترمال.
عنوان انگلیسی Design of guide RNA for CRISPR-Cas12-based detection of Salmonella typhimurium
چکیده انگلیسی مقاله ""
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله guide RNA,Salmonella,CRISPR,isothermal detection.
نویسندگان مقاله زهرا مردشتی | Zahra Mardashti
Department of Biological Sciences, Faculty of Passive Defense, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran.
گروه علوم زیستی، مجتمع دانشگاهی پدافند غیر عامل، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران.

مهدی زین الدینی | zeinoddini zeinoddini
Department of Biological Sciences, Faculty of Passive Defense, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran.
گروه علوم زیستی، مجتمع دانشگاهی پدافند غیر عامل، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران.

علی رضا سعیدی نیا | Alireza Saeeidinia
Department of Biological Sciences, Faculty of Passive Defense, Malek Ashtar University of Technology, Tehran, Iran.
گروه علوم زیستی، مجتمع دانشگاهی پدافند غیر عامل، دانشگاه صنعتی مالک اشتر، تهران، ایران.

نشانی اینترنتی http://biot.modares.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-31162-6&slc_lang=fa&sid=22
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات