این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۱۳، شماره ۳۶، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی پویش ژنومی جزایر همخونی و ژنهای مرتبط با آن در جمعیت گوسفندان دنیا
چکیده فارسی مقاله امروزه از شناسایی رشته های هموزایگوت Run of Homozygosity (ROH) برای تعیین همخونی در ژنوم گوسفند استفاده می شود. محل رشته های هموزایگوت که بطور مستمر تحت انتخاب هستند یا حاوی جهش های مطلوب اند، تمایل به تثبیت شدن در ژنوم دارند و در طی سالها جزایر ROH را تشکیل دهند. با شناسایی جزایر ROH مناطقی از ژنوم که حاوی ژنهای اقتصادی مهم هستند، قابل شناسایی اند. در این پژوهش به منظور شناسایی جزایر ROH مرتبط با ژنهای تحت اثر انتخاب، داده تعیین ژنوتیپ شده 2536 راس گوسفند از 68 نژاد مختلف از سراسر دنیا با تراشه k50 گوسفندی مورد بررسی قرار گرفت. پس از کنترل کیفیت داده ها، با استفاده از نرم افزار Plink v1.09 رشته های هموزایگوت شناسایی شد. یک درصد از جهش های تک نولکئوتیدی با بالاترین فراوانی در رشته های هموزایگوت بعنوان جزایر ROH در نظر گرفته شد. بطور کلی 465 جزیره ROH با طول Kb 43/27 تا Mb 17 شناسایی شد که کمتر از 1 درصد از ژنوم گوسفند را پوشش می داد. توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و از نژادی به نژاد دیگر متفاوت بود، اما برخی نقاط مشترک شناسایی شد. بیشترین و بلندترین جزایر ROH در نژادهای اروپایی، کمترین و کوتاه ترین به ترتیب در نژاد های آفریقایی و آمریکایی مشاهد شد. در این مطالعه 256 ژن در 111 جزیره ROH از کل 465 جزیره ی ROH شناسایی شد، که تقریبا یک چهارم از کل رفرنس ژنها شناسایی شده در ژنوم گوسفند، در محدوده جزایر ROH یافت شد. در حدود 103 QTL مرتبط با صفات شیر، لاشه، وزن بدن، و پشم شناسایی شد. نتایج این پژوهش نشان داد که شکل گیری نژاد های گوسقند و انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سالهای طولانی، منجر به شکل گیری قطعات هموزایگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفند شده است که اسکن این جزایر در سطح ژنوم می تواند بعنوان استراتژی جایگزین برای شناسایی ژنها و جایگاه های مرتبط با صفات اقتصادی مهم باشد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله گوسفند، جزایر ROH، اتوزایگوسیتی، صفات اقتصادی، ژن
عنوان انگلیسی Genome- wide scans of ROH islands and related genes in the world's sheep populations
چکیده انگلیسی مقاله Today, detecting of Run of homozygosity (ROH) was used to determining the inbreeding in sheep genome. The locations of ROHs which are under ongoing selection, or contain favorable mutation, tend to fix in the genome and constructed the ROH Island during several years. With detecting the ROH island, the genome regions which contained economic traits were to detectable. In this study, in order to identify the ROH islands associated with the genes affected by selection, the genotyping data of 2536 sheep from 68 different breeds from around the world with a ovine 50k BeadChip were used. After quality control, ROHs were identified using Plink v1.09 software. One percent of SNP with the highest frequency in ROH were considered as ROH islands. A total of 465 ROH islands with a length of 27.43 Kb to 17 Mb were identified, covering less than 1% of the sheep genome. The distribution of ROH islands was not uniform throughout the genome and varied among breeds, but some common were identified. The highest and largest ROH islands were observed in European breeds, the lowest and shortest in African and American breeds, respectively. In this study, 256 genes were identified in 111 ROH islands out of a total of 465 ROH islands, of which approximately a quarter of the total reference genes identified in the sheep genome were found within the ROH islands. Totally 103 QTLs associated with milk, carcass, body weight, and wool traits were identified in these regions. The results of this study revealed that the formation of sheep breeds and selection for important economic traits during several years, has led to the formation of many homozygous fragments called ROH islands. Scanning these regions at the genome can be an alternative strategy to identify genes and loci associated with economic traits.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Sheep, ROH Islands, Autozygosity, Economic traits, Gene
نویسندگان مقاله مریم نصرتی | Maryam Nosrati
1Department of Agriculture, Payame Noor University, PO BOX 19395-3697 Tehran, Iran
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

محمد رضا محمد ابادی |
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1659-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات