یافته های نوین در علوم زیستی، جلد ۲، شماره ۴، صفحات ۲۳۵-۲۴۹
عنوان فارسی ردیابی و تکثیر ژن های اثرگذار حامل دومین LysMدر ژنوم قارچ F. oxysporum f. sp. lycopersici
چکیده فارسی مقاله  قارچ (FOL) Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici در طی کلونیزه­کردن آوند گیاه گوجه ­فرنگی پروتئین ­های کوچک اثرگذاری را به درون آوند گیاه ترشح می­ کند که دستگاه مقاومتی گیاه را مهار یا مختل می­ کند و سبب بروز بیماری می­ شود. تاکنون 14 پروتئین اثرگذار در این بیمارگر شناسایی شده ­است که هیچ­یک دومین مشخصی در توالی پروتئینی خود ندارند. در دیگر قارچ­ های بیمارگر پروتئین­ های اثرگذار حامل دومین LysM جهت اتصال به کیتین و تجزیه آن شناسایی شده ­است. با توجه به کارکرد مهم این دومین در برهم­کنش قارچ و گیاه، در مطالعه حاضر جست­جو برای شناسایی ژن­ های اثرگذار حامل دومین LysM در قارچ FOL انجام شد. در ابتدا جست­جوی دومین LysM در ژنوم Fol به کمک پایگاه اطلاعاتی Pfam به شناسایی 17 پروتئین منتج شد که در این بین، با توجه به وزن مولکولی پایین پروتئین­ های اثرگذار و ترشح آنها در فضای بین سلولی، دو پروتئین فرضی به نام­های Fol-LysM1 و Fol-LysM3 جهت مطالعات تکمیلی انتخاب شدند. پیش­بینی ساختار ژنی مفروض با FGENESH+صورت­ گرفت؛ سپس، حضور ساختارهای دومینی و خصوصیات پروتئین­های افکتوری مانند مناطق سیگنال پپتیدی، تعداد و موقعیت اسیدآمینه سیستیین و باندهای دی­سولفیدی و وزن مولکولی در Fol-LysM1 و Fol-LysM3 پیش ­بینی شد. در ادامه توالی کدکننده دو پروتئین مزبور در ژنوم FOLتکثیر و تعیین­ توالی شد و با بقیه پروتئین­ های اثرگذار دارای دومین LysM ازنظر فیلوژنتیکی و سازماندهی دومین ­ها مقایسه شد. این اولین گزارش از ردیابی ژن­ های اثرگذار دارای دومین LysM در FOL است که توالی Fol-LysM1 با شماره دستیابی KU522305 در بانک ژن ثبت شد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Detection and amplification of LysM effector genes in F. oxysporum f. sp. lycopersici
چکیده انگلیسی مقاله During the infection- while the xylem is colonized by the F. oxysporum f. sp. Lycopersici (Fol)- several effector proteins have been secreted into the xylem that suppress the plant’s defense response and enable parasitic colonization. So far, 14 effector proteins have been reported in Fol. However, there are no identified domains in their sequences. LysM effector proteins were identified in some plant pathogenic fungi and involved in sequestering chitin oligosaccharides. Here, considering the role of LysM effector proteins in plant-pathogen interactions, we searched for candidate effector proteins possessed Lysin (LysM) domains in the genome of FOL. Hence, the LysM domain was searched in the WGS data bank of Fol using Pfam tool and 17 proteins were identified. Two proteins, Fol-LysM1 and Fol-LysM3, were selected based on low molecular weight and present of signal peptide in their sequences. Prediction of the gene structures preformed using FGENESH tools and domain structures and effector characters including signal peptide, number and position of cysteine residues, disulfide bond connectivity and molecular weight of proteins were predicted. The entire nucleotide sequences of the coding region of their genes were determined by PCR and phylogeny of lysM effector proteins was studied. Furthermore, the domain organization of these proteins was compared with that of other lysM effector proteins. This is a first report of detection of lysM effector genes in Fol.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله فرهاد شکوهی فر | farhad shokouhifar
research center for plant sciences, ferdowsi university of mashhad, mashhad, iran
پژوهشکده علوم گیاهی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه فردوسی (Ferdowsi university)

الهه ربیعی مطلق | elahe rabiei motlagh
plant pathology department, college of agriculture, ferdowsi university of mashhad. mashhad, iran
گروه گیاه پزشکی، دانشکدۀ کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه فردوسی (Ferdowsi university)

ناهید عباس پور | nahid abbaspour
research center for plant sciences, ferdowsi university of mashhad, mashhad, iran
پژوهشکده علوم گیاهی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه فردوسی (Ferdowsi university)

صهبا طوسی | sahba toosi
research center for plant sciences, ferdowsi university of mashhad, mashhad, iran
پژوهشکده علوم گیاهی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه فردوسی (Ferdowsi university)

نشانی اینترنتی http://nbr.khu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2-44&slc_lang=fa&sid=fa
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/1540/article-1540-254958.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده مقاله پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات