بیماری های پستان، جلد ۱۴، شماره ۱، صفحات ۴۹-۶۳
عنوان فارسی شناسایی ژن های مرتبط با پیش‌ آگهی در سرطان پستان Her۲-enriched با استفاده از تجزیه و تحلیل شبکه هم‌ بیانی ژنی
چکیده فارسی مقاله مقدمه: زیرگروه Her2-enriched در سرطان پستان پیش ­آگهی بدتری نسبت به زیرگروه ­های لومینال دارد. و اخیرا کشف درمان‏ های هدفمند در سایر گروه­ های سرطان پستان منجر به افزایش بقاء بیماران شده است. هدف این مطالعه شناخت ژن­ های موثر در بقای کلی این دسته از بیماران مبتنی بر زیست­ شناسی سامان‏ه ای است. روش بررسی: مجموعه­­­ داده­­­ های بیان ژن و اطلاعات بالینی 58 بیمار مبتلا به زیرگروه Her2-enriched از اطلس ژنوم سرطان دانلود شد. با استفاده از شبکه هم­بیان ژنی وزن­دار، ماژول­ های هم­ بیان شناسایی شدند. به‏ منظور شناسایی ماژول­ های موثر بر بقای کلی، از رگرسیون کاکس استفاده شد. آنالیز بقاء تک­ژنی در درون ماژول منتخب انجام و در پایان ژن­ های معنی­ دار با استفاده از ابزار DAVID مورد تفسیر عملکردی قرار گرفتند. یافته ­ها: از میان شش ماژول هم­ بیان شناسایی­ شده، دو ماژول به طور معنی ­دار با پیش ‏آگهی بدتر در بیماران مرتبط بودند. بر مبنای آنالیز بقای تک­ژنی، 39% از ژن­ های ماژول­ منتخب، معنادار شناخته شد که رابطه­ معناداری با مسیرهای زیستی "Ubiquitin mediated proteolysis" و "RNA degradation" داشتند. ژن‏ های CHAMP1، PPP1R26، PRRC2B، KANSL3 و ANAPC2 به‏ ترتیب به عنوان 5 ژن مهم در کاهش بقای کلی شناسایی شدند. همچنین این ژن­ ها در مسیرهای مرتبط با  تقسیم سلولی نقش دارند که تاییدکننده نقش آن‏ها در سرطان است. نتیجه­ گیری: رویکرد زیست­ شناسی سامان‏ه ای می­ تواند نتایج مناسبی در تحلیل بقاء بیماران داشته باشد. در این مطالعه ژن‏ هایی شناسایی شدند که می­ توانند در مطالعات آزمایشگاهی به عنوان بیومارکرهای پیش ­آگهی­ دهنده بقای کلی بیماران زیرگروه Her2-enriched و همچنین کاندیداهای بالقوه برای درمان هدفمند این دسته از بیماران مورد استفاده قرار گیرند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله سرطان، زیست­ شناسی سامانه ای، شبکه­ های وزندار، شبکه ­های هم‌ بیانی، Her2-enriched، WGCNA
عنوان انگلیسی Identification of Prognostic Genes in Her2-enriched Breast Cancer by Gene Co-Expression Net-work Analysis
چکیده انگلیسی مقاله Introduction: HER2-enriched subtype of breast cancer has a worse prognosis than luminal subtypes. Recently, the discovery of targeted therapies in other groups of breast cancer has increased patient survival. The aim of this study was to identify genes that affect the overall survival of this group of patients based on a systems biology approach. Methods: Gene expression data and clinical information on 58 patients with HER2-enriched cancer were downloaded from The Cancer Genome Atlas (TCGA). Co-expression modules were identified using the weighted gene co-expression network analysis (WGCNA). The Cox regression was used to determine the modules that had a significant relationship with the overall survival (OS) endpoint. Single-gene survival analysis was performed within the selected module. Finally, functional annotation to explore the significance of genes was performed using the Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery (DAVID). Results: Of the six identified co-expression modules, two had significantly poor prognoses. Single-gene survival analysis showed that 39% of genes in the selected modules were identified as significant. The genes were mainly related to the biological pathways such as Ubiquitin-mediated proteolysis and RNA degradation. CHAMP1, PPP1R26, PRRC2B, KANSL3, and ANAPC2 were identified as the 5 most important genes associated with reduced OS, in order of significance. Conclusion: The systems biology approach can provide appropriate results relate to patient survival analysis. In this study, some genes were identified to be used as prognostic biomarkers in experimental studies related to the OS in the HER2-enriched subgroup. These genes can be considered potential candidates for therapeutic targets in this group of patients.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله HER2-enriched Breast Cancer, WGCNA, Co-expression Network, TCGA
نویسندگان مقاله محمد درزی | Mohammad Darzi
Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
پژوهشکده برق و فناوری اطلاعات، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایران

سعید گرگین | Saeid Gorgin
Department of Electrical Engineering and Information Technology, Iranian Research Organization for Science and Technology (IROST), Tehran, Iran
پژوهشکده برق و فناوری اطلاعات، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران، تهران، ایران

کیوان مجیدزاده | keivan Majidzadeh-A
Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran
دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران

رضوان اسمعیلی | Rezvan Esmaeili
Genetics Department, Breast Cancer Research Center, Motamed Cancer Institute, ACECR, Tehran, Iran
دپارتمان ژنتیک، مرکز تحقیقات سرطان پستان، پژوهشکده سرطان معتمد، جهاد دانشگاهی، تهران، ایران

نشانی اینترنتی http://ijbd.ir/browse.php?a_code=A-10-419-2&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده بیماریهای پستان
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات