این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
زیست فناوری گیاهان زراعی، جلد ۴، شماره ۶، صفحات ۳۵-۴۶
عنوان فارسی تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (Crocus sativus L.) با استفاده از نرم‌افزارهای SOAPdenovo و Trinity
چکیده فارسی مقاله زعفران (Crocus sativus L.)، ارزشمندترین و محبوب­ترین ادویه جهانی، گونه­ای تریپلوئید از خانواده Iridaceae می­باشد. این گونه با کلاله‎های قرمز، بلند و معطر، از سایر گونه‎های این خانواده متمایز است. با پیشرفت­های سریع بوجود آمده در نسل دوم توالی­یابی، توالی­یابی RNA (RNAseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزان­تری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالی­های ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آن­ها در دسترس نیست. توالی­یابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در داده­های ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پایین­دست ضروری می­باشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالی­یابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرم‌افزار پرکاربرد به نام­های SOAPdenovo و Trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالی­ها و تعداد یونی­ژن­های بدست آمده در Trinity بیشتر از SOAPdenovo می­باشد (میانگین 689 برای Trinity و 624 برای SOAPdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه می­شود منجر به افزایش معنی­داری در تعداد رکوردهای به­دست آمده در پایگاه­های اطلاعاتی می­شود و تعداد بیشتر یونی­ژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیت­های مهم بیشتری را فراهم می­کند. یونی­ژن­های مونتاژ شده در Trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونی­ژن­های مونتاژ شده بوسیله SOAPdenovo بود. به­طور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آن­ها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرم‌افزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف می­توان توصیه­هایی در زمینه استفاده از آن­ها ارائه داد و نرم‌افزار مناسب­تر را انتخاب کرد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله زعفران، ترانسکریپتوم، مونتاژ، یونی‌ژن،
عنوان انگلیسی Analysis of Saffron Stigma (Crocus sativus L.) Transcriptome Using SOAPdenovo and Trinity Assembly Software
چکیده انگلیسی مقاله Saffron (Crocus sativus L.), is the most valuable and popular spice in the word. It is a triploid species of the Iridaceae family. Its long, red, and aromatic stigma distinguishes this species from others in its family. With the rapid advances in next generation sequencing technology, RNA sequencing has risen as a cost-effective and powerful method for transcriptome study. De novo assembly of transcripts provides main solution to transcriptome analysis for organisms without reference genome. Precise sequencing and assembly of transcriptome reliable data are necessary for the downstream analysis. Accordingly, this work was analyzed by two of the most popular software's Trinity and SOAPdenovo for saffron stigma transcriptome to study the effective programs for transcriptome assembly. The results showed that the mean sequence length and the number of unigenes obtained by Trinity were more than SOAPdenovo (Trinity: 689, SOAPdenovo: 624). Translation of the better results produced by the appropriate assembler to protein led to a significant increase in the number of its records obtained at databases. Furthermore, these unigenes might help to identify more metabolite pathways. Assembled unigenes by Trinity had no lacking distance and were about twice the unigenes assembled by SOAPdenovo. As a general conclusion, it seems that selection of an appropriate software and its parameters is not easy without comprehension understanding of different software operation and their setting. Thus, comparison of the different softwares efficiency on the different organisms could provide some practical suggestions and choose an appropriate software.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Saffron, Transcriptome, Assembly, Unigenes
نویسندگان مقاله پروانه محمودی |
دانشجوی دکتری اصلاح نباتات، دانشگاه تربیت مدرس، تهران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تربیت مدرس (Tarbiat modares university)

احمد معینی |
دانشیار، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، تهران،
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تربیت مدرس (Tarbiat modares university)

سید مجتبی خیام نکویی | seyed mojtaba khayam nekoui
دانشیار، دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس، تهران،
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تربیت مدرس (Tarbiat modares university)

محسن مردی |
دانشیار، بخش ژنومیکس پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی. کرج
سازمان اصلی تایید شده: پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران

قاسم حسینی سالکده | hosseini salkadeh
دانشیار، بخش ژنومیکس پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی. کرج
سازمان اصلی تایید شده: پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران

نشانی اینترنتی http://cropbiotech.journals.pnu.ac.ir/article_1102_215.html
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/900/article-900-187177.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات