این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
پژوهش های تولیدات دامی، جلد ۹، شماره ۲۲، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی اهمیت خویشاوندی ژنتیکی و رکورد فنوتیپی بر صحت ژنومی داده ‌های جانهی شبیه‌ سازی شده با استفاده از مدل ‌های حیوانی در حضور اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط
چکیده فارسی مقاله هدف این تحقیق بررسی نقش ارتباط خویشاوندی بین جمعیت مرجع و تأیید با نسبت ‌های مختلف رکورد های فنوتیپی جمعیت مرجع بر صحت پیش ‌بینی‌ های ژنومی مدل ‌های حیوانی مختلف با استفاده از شبیه ‌سازی داده‌ های ژنومی جانهی بود.  بدین منظور، چهار سناریو متفاوت برای سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (بالا و پایینLD=) و جایگاه­ های صفات کمی (90 و 300) با تراکم K15 شبیه ‌سازی شد. بعد از شبیه ‌‌سازی جمعیت ‌­ها، به طور تصادفی اقدام به حذف 50 و 95 درصد نشانگر ها نموده و در مرحله بعد نشانگرهای حذف شده جانهی شدند. در ادامه، از طریق کد نویسی در نرم افزار R، شبیه‌ سازی جهت ایجاد خویشاوندی ژنتیکی بین صفات در سه محیط با وراثت ‌پذیری ‌های مختلف برای داده‌های اصلی و جانهی انجام شد. دامنه صحت جانهی بین 737/0-941/0 بود. LD فاکتور اصلی مؤثر بر صحت جانهی بود. با افزایش سطح LD و وراثت‌ پذیری، صحت پیش بینی ژنومی افزایش یافت. زمانی که حیوانات بدون رکورد فنوتیپی محیط دوم، با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندانشان در محیط سوم ارزیابی شدند مقدار صحت پیش ­بینی ژنومی بالا بود. هنگامی که حیوانات با 75 درصد رکورد فنوتیپی در محیط دوم، با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندانشان در محیط اول و سوم ارزیابی شدند بالاترین مقدار صحت پیش ­بینی ژنومی مشاهده شد. نتایج نشان داد که جانهی پنل ‌های با تراکم خیلی پایین به K15 همیشه راه کار مناسبی جهت پیش ‌بینی ژنوتیپ ‌ها نمی باشد. به طور کلی، استفاده هم زمان از اطلاعات خویشاوندان و افزایش تعداد رکورد فنوتیپی در جمعیت مرجع، صحت پیش‌ بینی ژنومی مدل ‌های حیوانی مختلف را در حضور اثرات متقابل ژنوتیپ و محیط افزایش داد.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی The importance of genetic relationships and phenotypic record on genomic accuracy of simulated imputation data via animal models in presence of genotype × environment interactions
چکیده انگلیسی مقاله The objective of this study was to investigate the role genetic relationships between training and validation set with considering different ratio of phenotypic records of training set on accuracy of genomic prediction via animal models containing genotype × environment interactions in simulated imputation data. For this purpose, four different scenarios using 15k density containing different levels of linkage disequilibrium (LD= low and high) and quantitative trait loci (90 and 300) was simulated. After simulating the population, the markers randomly masked with 50 and 95 percentage of missing rate for each scenario; afterwards, hidden markers were imputed. In the following, using coding in R software, the simulation was done to create the genetic relationships between the traits in three environments with different heritabilities in original and imputed data.The accuracy of imputation ranged from 0.737 to 0.941. LD was main factor on accuracy of imputation. Accuracy of genomic prediction generally increased when LD and Heritability was increased. When non-phenotyped animals for the second environment were estimated using information of their relatives in the third environment, accuracy of genomic predictions was generally high. The accuracy of genomic prediction was the highest, when 75% of the second environment animals had phenotypic records and evaluated using information of their relatives in the first and third environments. The results show that genotype imputation of very low density to 15k panel is not always helpful for genotypes prediction.Generally, simultaneous usage of relatives information and increasing phenotypic records of validation set increase the accuracy of genomic predictions using animal models in presence of genotype × environment interactions.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله
نویسندگان مقاله یوسف نادری | Yousef Naderi
Islamic Azad University, Astara Branch
دانشگاه آزاد اسلامی، واحد آستارا

نشانی اینترنتی http://rap.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-904-3&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده ژنتیک و اصلاح نژاد دام
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات