|
|
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی، جلد ۱۰، شماره ۳، صفحات ۲۰۱-۲۱۳
|
|
|
| عنوان فارسی |
بررسی مسیرهای سیگنالی دخیل در تقابل عفونت ویروس‌های فرصت‌طلب با سلول‌های لنفوسیت T کمکی |
|
| چکیده فارسی مقاله |
مقدمه: افرادی که سیستم ایمنی ضعیفی دارند سریع‌تر به عفونت‌های فرصت‌طلب (OIs) مبتلا می‌شوند. یافتن ارتباط ویروس‌ها و مسیرهای سیگنالی مرتبط با عفونت‌های این ویروس‌ها مثل اپشتین بار ویروس (EBV) و سایتو مگالو ویروس (CMV) نقش قابل ملاحظه‌ای در بررسی ارتباط آن‌ها با سلول‌های لنفوسیت T کمکی دارند. در این مطالعه با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیک به بررسی و کاندید نمودن ژن‌های موجود در مسیرهای وابسته به عفونت ویروس‌های فرصت طلب با سلول‌های لنفوسیت T کمکی پرداخته شد.
روش: در این مطالعه با مراجعه به پایگاه داده GEO دیتاست مناسب برای آنالیز انتخاب گردید. این دیتاست شامل پروفایل بیان ژنی در عفونت ویروس‌های EBV و CMVبود. کلاسترهای ژنی با بیان بالا و پایین دسته‌بندی شدند. برای ارزیابی دقیق‌تر داده از پایگاه‌های داده غنی همچون Enrichr، STRING و Networkanalyst استفاده شد. در نهایت ژن‌های کاندید شده جدا و ارتباط پروتئینی آن‌ها نیز سنجیده شد.
نتایج: 964 ژن با بیان بالا و 837 ژن با بیان پایین در مسیرهای پیشرفت عفونت ویروسی‌های فرصت طلب با لنفوسیت‌ها نقش دارند. مسیرهای چرخه سلولی، استرس اکسیداتیو، سنتز RNA و TGFB به صورت بارزی مشاهده شدند.
نتیجه‌گیری: مطالعه حاضر نشان داد که پروتئین‌ها و ژن‌های مهمی در تقویت التهاب ویروس های فرصت‌طلب همچون اپشتین بار و سایتومگالو ویروس نقش عمده‌ای داشته که از میان آن‌ها CDK2, CCNB1, GSK3B, SRC و SMAD3 نقش بارزتری را نشان دادند. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
اپشتین بار ویروس، پروفایل بیان ژن، آنالیز بیوانفورماتیک، سایتو مگالو ویروس، ویروس‌های فرصت طلب |
|
| عنوان انگلیسی |
Investigating the Signaling Pathways Involved in Fighting Opportunistic Virus Infection with Helper T Lymphocyte Cells |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
Introduction: People with weakened immune system are more prone to opportunistic infections (OIs). Finding the association of these viruses and the transmission pathways associated with these viruses, such as EBV and CMV, play a significant role in investigating their association with helper T lymphocytes. In this study, bioinformatics analysis was used to examine and candidate genes in pathways associated with opportunistic viruses with helper T lymphocytes.
Method: In this study, by referring to the GEO database, a suitable database was selected for analysis. This dataset included gene expression profiles in EBV and CMV virus infections. Gene clusters were classified into high and low expression. Rich databases such as Enrichr, STRING, and Networkanalyst were used to evaluate the data more accurately. Finally, the candidate genes were isolated and their protein binding was measured.
Results: 964 high-expression genes and 837 low-expression genes are involved in the progression of opportunistic viral infections with lymphocytes. Cell cycle pathways, oxidative stress, RNA synthesis and TGFB were significantly observed.
Conclusion: The present study showed that important proteins and genes played a major role in enhancing the inflammation of opportunistic viruses such as Epstein-Barr and Cytomegalovirus, among which CDK2, CCNB1, GSK3B, SRC, and SMAD3 showed a more prominent role in this pathway. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
Epstein Barr Virus, Gene Expression Profile, Bioinformatics Analysis, Cytomegalovirus, Opportunistic Viruses |
|
| نویسندگان مقاله |
پریسا حسن زاده | Parisa Hassanzadeh
MSc. in Biology, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran
کارشناس ارشد زیست‌شناسی، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، تهران، ایران
مهناز محمدی | Mahnaz Mohammadi
Ph.D. in Biology, Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran
دکتری زیست شناسی، استادیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، تهران، ایران
صبا طاهری | Saba Taheri
Ph.D. in Biology, Assistant Professor, Department of Biology, Faculty of Basic Sciences, Islamic Azad University, Islamshahr Branch of Islamic Azad University, Islamshahr, Tehran, Iran
دکتری زیست شناسی، استادیار، گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد اسلامشهر، دانشگاه آزاد اسلامی، اسلامشهر، تهران، ایران
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://jhbmi.ir/browse.php?a_code=A-10-762-2&slc_lang=fa&sid=1 |
| فایل مقاله |
فایلی برای مقاله ذخیره نشده است |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
بیوانفورماتیک |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی اصیل |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|