این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
مجله دانشکده پزشکی اصفهان، جلد ۳۲، شماره ۲۸۰، صفحات ۴۳۲-۴۴۱
عنوان فارسی تعیین توالی وآنالیز فیلوژنی ژن NS دو جدایه‌ی آنفلوانزای ۲N۹H و بررسی خصوصیات رشد این ویروس‌ها بر روی سلول‌های ۵۴۹A
چکیده فارسی مقاله مقدمه: ویروس آنفلوانزای پرندگان تحت تیپ 2N9H در طول دو دهه ی گذشته در آسیا به صورت پانزوتیک در آمده است. این ویروس، علاوه بر ایجاد بیماری در طیور پرورشی، چندین مورد ابتلای انسانی در آسیا را سبب شده است. این مطالعه به منظور بررسی ارتباط فیلوژنی ژن غیر ساختمانی (NS یا Non structural) و خصوصیات رشدشان بر روی سلول های 549A در جدایه هایی در استان تهران انجام شد. روش ها: از میان ویروس های ایزوله شده در سال های 91-1388 ویروس آنفلوانزای 2N9H، دو ویروس که در درخت فیلوژنتیک جایگاه های متفاوتی با هم داشتند، انتخاب شدند و ژن NS طی واکنش RT-PCR (Reverse transcription-polymerase chain reaction) تکثیر شد. قطعه ی مورد نظر هر جدایه، کلون گردید و پلاسمیدهای حاصل توالی یابی شدند. بروز تغییرات احتمالی در توالی ژن NS جدایه های مورد نظر با مقایسه با جدایه های ثبت شده در پایگاه داده GenBank ارزیابی شد. بر اساس نتایج، رشد این دو جدایه در سلول های 549A بررسی شد. ارزش s 3 GC و مقایسه ی میزان جایگزینی Ka/Ks در نواحی رمز دهنده ی ژن بررسی شد. یافته ها: پردازش اولیه ی داده های فیلوژنی نشان داد که ژن NS ویروس های ایران با همسانی 4/96 درصد به زیر دودمان 439Y و آلل A تعلق دارند. این ویروس ها بر اساس زمان جداسازی در دو زیر گروه زیر گروه یک شامل ویروس های جدا شده از طیور پرورشی طی سال های 2004-1998 و زیر گروه دوم ویروس های جدا شده طی سال های 11-2006 قرار گرفتند. ارزش s 3 GC بین 392/0-371/0 متغیر بود و میزان Ka/Ks برای زیر گروه اول 38/0 و برای زیر گروه دوم 42/0 محاسبه شد. نتیجه گیری: پردازش توالی اسید آمینه ی NS نشان می دهد که این دو ایزوله، دارای توالی KSLR در محل دمین PDZ خود هستند و چندین تغییر همزمان در طول توالی اسید آمینه رخ داده است. عیار دو ویروس به روش ارزیابی پلاک برآورد شد که تفاوت معنی داری با هم نداشتند. این داده ها نشان می دهد که دو ویروس 2N9H جدید ایران دچار تغییرات بسیار اندکی شده اند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله
عنوان انگلیسی Sequencing and Phylogenetic Analysis of NS Gene of Two Isolates of H9N2 Influenza Virus and The Growth Characteristics of the Virus on A549 Cells
چکیده انگلیسی مقاله Background: Avian influenza virus of H9N2 subtype has become panzootic during the last two decades in Asia. In addition to causing disease in poultry, this virus has been identified as the reason for several human diseases in Asia. The present study aimed to investigate the phylogenetic relationship between NS gene of two viruses (SS22008 and SS82011) and other Iranian isolated viruses, and we characterized the growth ability of two viruses in human A549 cell. Methods: Among the H9N2 viruses isolated from 2008 to 2011, two isolated were placed in different positions in the phylogenetic tree. The whole NS gene fragments of two virus isolates were amplified using reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) method; the fragment of each isolate was cloned and then sequenced. Possible changes in the NS gene sequence of isolates were compared with subtypes registered in Gene Bank Database and their growth abilities in human A549 cells were evaluated. GC3s value and replacement rate of Ka/Ks value in NS gene locus were compared. Findings: The initial phylogenetic process revealed that the NS gene of Iranian isolates had a homology of 96.4% belonging to clade Y439 and Allele A. These viruses, based on the time of isolation, were divided into two subgroups of viruses isolated from poultry during the years 1998-2004 and viruses isolated during a time curse of the years 2006-2011. GC3s value varied between 0.371-0.392 and the Ka/Ks value NS gene locus was 0.38 and 0.42 in subgroups 1 and 2, respectively. Conclusion: Processing of NS amino acid sequence not only exhibited that these two isolates contained KSLR sequence in their PDZ domain and but also it revealed that multiple simultaneous changes had been occurred. The viruses titers of two isolates, based on plaque assay, were not statistically significant. These data demonstrate that two Iranian H9N2 isolates are affected by some genetic drifts.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Avian influenza, H9N2 Subtype, PDZ domain
نویسندگان مقاله شهلا شاهسوندی | shahla shahsavandi
استادیار، گروه آنفلوانزای طیور، مؤسسه ی تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، کرج، ایران

عباس احمدی وسمه جانی | abbas ahmadi وسمه jani
کارشناس ارشد، گروه میکروب شناسی، دانشکده ی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی جهرم، جهرم، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی جهرم (Jahrom university of medical sciences)

محمد شایسته پور | mohammad shayesteh pour
دانشجوی دکترای تخصصی، گروه ویروس شناسی، دانشکده ی بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی تهران (Tehran university of medical sciences)

کاوه صادقی | kaveh sadeghi
دانشجوی کارشناسی ارشد، گروه آنفلوانزای طیور، مؤسسه ی تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، کرج، ایران

محمد مجید ابراهیمی | mohammad majid ebrahimi
استادیار، گروه آنفلوانزای طیور، مؤسسه ی تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، کرج، ایران

هادی فاضل | hadi fazel
دانشجوی دکترای تخصصی، گروه ویروس شناسی، دانشکده ی بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران
سازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی تهران (Tehran university of medical sciences)

نشانی اینترنتی http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/3567
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/103/article-103-318008.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده مقاله پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات