|
|
پژوهشنامه اصلاح گیاهان زراعی، جلد ۱۵، شماره ۴۶، صفحات ۰-۰
|
|
|
| عنوان فارسی |
شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره از طریق توالی یابی RNA در گیاه دارویی بومادران |
|
| چکیده فارسی مقاله |
گیاه دارویی بومادران (Achillea millefolium) به دلیل داشتن کارکردهای مختلف دارویی و صنعتی یکی از گونههای با ارزش در مراتع ایران و جهان است. در این مطالعه، از توالییابی ترنسکریپتوم برگ و گل آذین بومادران با استفاده از پلتفرم 2500 Illumina Hiseq جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. طبق نتایج توالی یابی نوپدید حاصل از نمونه های بدست آمده از گیاه دارویی بومادران کشت شده در موسسه تحقیقات مراتع و جنگلهای کشور، 9450 توالی تک رونوشت (6920 توالی تک ژن) حاوی 10570 ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوانترین نوع ریزماهوارهها، دینوکلئوتیدها (62 %)، بعد از آن ترینوکلئوتید (2748 عدد، 26 %)، مونوکلئوتیدها (7%) بودند. مجموعا، 69 درصد ریزماهواره ها از نوع ریزماهواره کلاس دوم (10 تا 20 نوکلئوتید) و 31 درصد از نوع ریزماهواره کلاس اول (بیش از 20 نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره ها در ترانسکریپتوم گلآذین یک در هر 10 کیلوباز توالی یکپارچه شده بود. درتفسیر تک ژنها مجموعا 762/1 (3/22 %)، 4723 (3/53 %)، 3714 (5/47 %)، 4517 (3/51 %) و 5189 (7/60 %) تک‌ژن از همه کتابخانه‌ها به ترتیب به پایگاه‌های داده KAAS، آرابیدوپسیس، UniProt، پروتئین‌های Non-redundant پایگاه NCBI و آفتابگردان گزارمان شدند. در بین85421 توالی تک ژن حاوی تکرارهای ریزماهواره، تعداد 38440 توالی تک ژن (45 %) دارای دسته‌بندی کارکردی و همه ی تک ژنها در 52 دسته قرار داشتند. در میان همه تک‌ژن‌های دسته‌بندی شده 3220 تک‌ژن (65 درصد) به دسته "فرایند متابولیکی" متعلق بود که از میان آنها 90 تک‌ژن (3 %) به دسته "فرایند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. معرفی این نشانگرها میتواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشه های ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهره برداری قرار گیرد. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
ترنسکریپتوم، تنوع ژنتیکی، نوپدید، گزارمان کارکردی |
|
| عنوان انگلیسی |
Large Scale Identification of SSR Molecular Markers Using RNA Sequencing in Yarrow (Achillea millefolium L.) |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
The medicinal plant Yarrow (Achillea millefolium L.) due to its medicinal and industrial functions is one of valuable pastureland plant in Iran and the world. In this study the Illumina Hiseq 2500 platform used to identify the microsatellites markers by transcriptome sequencing of the leaf and inflorescence of Yarrow. According to the de novo sequencing results of the medicinal plant Yarrow cultivated in the Research Institute of Forests and Rangelands, 9450 single transcript sequences (6920 single gene sequences) containing 10,570 potential microsatellites were identified. The most common types of microsatellites were dinucleotides (62%), followed by trinucleotides (2748, 26%), and mononucleotides (7%), respectively. In total, 69% of the microsatellites were classified as second class (10 to 20 nucleotides), and 31% were first class (more than 20 nucleotides). The frequency of microsatellites in the transcriptome of inflorescence was one per10 kb assembled sequences. According to unigenes annotation results, totally 1,762 (22.3%), 4723 (53.3%), 3714 (47.5%), 4517 (51.3%) and 5189 (60.7%) unigenes annotated from all databases of KAAS, Arabidopsis, UniProt, NCBI database Non-redundant proteins and sunflower respectively. Among 8542 clustered unigenes containing microsatellite, 38440 unigene sequences (45%) were classified as functional and categorized as 52 clusters. Among all the categorized monomers, 3220 (65%) belonged to the "metabolic process" category, of which 90 (3%) belonged to the "secondary metabolic process" category. The introduction of these markers can be used for future studies of selection using markers, genetic diversity, and genetic maps in this medicinal plant breeding programs. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
Transcriptome, Genetic variation, De novo, Functional annotation |
|
| نویسندگان مقاله |
بهناز شهباز | Behnaz Shahbaz
مهدی سلطانی حویزه | Mehdi Soltani Howyzeh
وحید شریعتی | Vahid Shariati
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://jcb.sanru.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-614-3&slc_lang=fa&sid=1 |
| فایل مقاله |
فایلی برای مقاله ذخیره نشده است |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
اصلاح نباتات مولکولی |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|