این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
فیض، جلد ۲۶، شماره ۱، صفحات ۰-۰
عنوان فارسی طراحی in silico و تایید in vitro برای siRNA هدف گیرنده ژن PTX۳ در رده سلولی گلیوما
چکیده فارسی مقاله سابقه و هدف: شناسایی مکانیسم های زمینه ای پاتوژنز گلیوما که باعث تداوم تومور و مقاومت در برابر درمان می شود، از اهمیت ویژه ای برخوردار است. بیان بیش از حد ژن PTX3 عمیقاً در پاتوژنز گلیوما نقش دارد. سرکوب بیان ژن هدف بر پایه تداخل RNA (RNAi) از طریق مولکول های RNA دو رشته ای از جمله siRNA می تواند به عنوان یک ابزار درمانی برای خاموشی انکوژن استفاده شود. هدف مطالعه حاضر القای آپوپتوز در رده سلولی گلیومای U-87 با سرکوب ژن PTX3 است. مواد و روش ها: انواع منابع محاسباتی برای طراحی siRNA در برابر ژن PTX3 استفاده شد، سپس امتیاز بندی طبق ویژگی های توالی اختصاصی جایگاه، افتراق ناپایداری ترمودینامیکی انتهای siRNA آنتی سنس، میزان اثرات خارج از هدف، پیشبینی ساختار ثانویه mRNA و ملاحظات در دسترس بودن هدف صورت گرفت. بهترین مولکول siRNA علیه ژن PTX3 انتخاب شد و همچنین siRNA در هم ریخته یا بی هدف آن نیز طراحی شد. کارآیی خاموش کردن PTX3 در سلول ‌های U-87 توسط Real-time PCR ارزیابی شد. به منظور اندازه‌ گیری اثر کاهش بیان بر آپوپتوز سلولی، رنگ ‌آمیزی با Annexin V-PI انجام شد و میزان مرگ سلول های ترنسفکت شده با گروه کنترل توسط فلوسایتومتری مقایسه شد. نتایج: 53 مولکول PTX3-siRNA طراحی شده از جهات گوناگون بررسی و امتیاز دهی شدند و بهترین مورد جهت استفاده در تحقیقات سرکوب بیان ژن PTX3 پیشنهاد گردید. PTX3-siRNA طراحی شده قادر به کاهش بیان PTX3 به میزان 37٪ بود (05/0>P). تیمار 48 ساعته سلول‌ های U-87 با PTX3-siRNA، آپوپتوز را در 22% سلول‌ ها القا کرد، که با توجه به میزان 8/%3 آپوپتوز در گروه کنترل، نشانگر توانایی معنی دار siRNA طراحی شده در القای آپوپتوز بود (05/0>P). نتیجه گیری: در مطالعه حاضر ما یک روش in silico را برای بدست آورن بالاترین نمره در طراحی یک مولکول siRNA با ویژگی های توالی که آن را برای سرکوب کارآمد بیان PTX3 در سطح mRNA کارآمد می کند به کار گرفتیم. کارآیی این siRNA با روش in vitro تایید شد که بر کاهش بیان ژن PTX3 و القای آپوپتوز در سلول های گلیوما U-87 تاثیر قابل ملاحظه ای داشت.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله PTX3، گلیوما، siRNA، آپوپتوز، U-87
عنوان انگلیسی In Silico Design and In Vitro Validation of siRNA Targeting PTX3 Gene in Glioma Cell Line
چکیده انگلیسی مقاله Background: Identification of underlying mechanisms of gliomas pathogenesis, causative of tumor persistence and resistance to therapy, is of particular importance. The overexpression of PTX3 gene is profoundly implicated in glioma development. The RNA interference (RNAi)-based knockdown of target gene by means of double-stranded RNA molecules including siRNA can be harvested as a therapeutic tool for oncogene silencing. The present study aimed to induce apoptosis in U-87 glioma cell line by knockdown of PTX3 gene. Materials and Methods: A variety of computational resources were used for siRNA design against PTX3 gene, then scoring was done according to position-specific sequence features, siRNA antisense differential-end thermodynamic instability, off target effects level, secondary structure prediction of mRNA and target accessibility considerations. The best siRNA molecule was selected against the PTX3 gene and also scrambled/nontarget siRNA was designed for it. The efficacy of PTX3 silencing in the U-87 cells was evaluated by the Real‐time PCR. In order to measure the effect of expression knock down in the cellular apoptosis, staining with Annexin V‐PI was performed and the mortality rate of transfected cells was compared with control group by flow cytometry. Results: 53 designed PTX3‐siRNA were assessed and scored for different aspects and the best one is suggested for use in PTX3 gene expression knockdown research. The designed PTX3‐siRNA was able to affect the PTX3 expression by decreasing to 37% (P< 0.05). The 48-hour treatment of U-87 cells with PTX3-siRNA, induced apoptosis in 22% of cells; considering the3.8% rate of apoptosis in the control group, showing the significant ability of the designed siRNA to induce apoptosis (P< 0.05). Conclusion: In the present study, we conducted an in-silico approach to achieve the highest score in design of an siRNA molecule with sequence features that capable it for efficient targeting PTX3 at the mRNA level. The efficiency of this siRNA was approved in vitro, with significant effect on the downregulation of PTX3 gene and induction of apoptosis in U-87 glioma cells.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله PTX3, Glioma, siRNA, Apoptosis, U-87
نویسندگان مقاله رضا احمدی بنی | Reza Ahmadi-Beni
Tarbiat Modares University
دانشگاه تربیت مدرس

شیرین شهبازی | Shahbazi Shirin
Tarbiat Modares University
دانشگاه تربیت مدرس

علیرضا خوشنویسان | Alireza Khoshnevisan
Tehran University of Medical Sciences
دانشگاه علوم پزشکی تهران

جواد بهروزی | Javad Behroozi
AJA University of Medical Sciences
دانشگاه علوم پزشکی ارتش

نشانی اینترنتی http://feyz.kaums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-4111-1&slc_lang=fa&sid=1
فایل مقاله فایلی برای مقاله ذخیره نشده است
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده medicine, paraclinic
نوع مقاله منتشر شده پژوهشی
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات