|
|
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام، جلد ۲۰، شماره ۴، صفحات ۱۸۲-۱۹۱
|
|
|
| عنوان فارسی |
خوشه بندی بیانی پروتئین های سرطان دهانه رحم |
|
| چکیده فارسی مقاله |
مقدمه: سرطان دهانه رحم، دومین سرطان مرگ بار بین زنان در کشورهای در حال توسعه و هفتمین در کشورهای پیشرفته است. غربالگری در سرطان گردن رحم برای پیدا کردن ژن ها و پروتئین هایی که نقش بیومارکر تشخیصی و درمانی بازی کند در حال پیشرفت است از طرفی مکانیسم ملکولی تومورزایی وابسته به دسته های پروتئینی است که در حالت بیماری تغییر می نماید بنا بر این کشف این گروه های پروتئینی امری ضروری به نظر می رسد. در این مطالعه به بررسی پروتئوم سلول های بافت سرطان سرویکس و مقایسه آن با بافت نرمال با کمک تکنیک پروتئومیک پــرداخته می شود و پروتئوم از نظر آماری به دسته های پروتئینی مجزایی خوشه بندی می گردد. مواد و روش ها: استخراج پروتئــین از نمونه های بافت نرمال و سرطانی گردن رحم صورت گرفت سپس پروتئین ها در مرحله اول(IEF) بسته به pH ایزوالکتریک خود روی نوار استریپ تفکیک شدند و مرحله دوم الکتروفورز دوبعدی SDS page است که مرحله جداسازی پروتئین ها بر اساس وزن مولکولی می باشد. ژل های هر دو گروه مورد آزمایش، جهت رویت لکه های پروتئینی به روش کوماسی بلو آمیزی شدند. در نهایت پروتئین های دو گروه جهت آنالیز بیوانفورماتیکی و آماری(آنالیز خوشه بندی و آنالیز مولفه اصلی) با نرم افزار progenesis same spot مورد مطالعه قرار گرفتند. یافته های پژوهش: آنالیز بیوانفورتیکی و آماری با نرم افزار progenesis same spot بر ژل های به دست آمده از تکنیک الکتروفورز دوبعدی 158 نقطه پروتئینی را مشخص کرد که تعدادی از آن ها دارای افزایش بیان و تعدادی دارای کاهش بیان بودند. 19پروتئین در گروه سالم دارای بیان بیشتری نسبت به سرطانی داشتند در حالی که در گروه سرطانی 18 پروتئین دارای بیان بالاتر نسبت به نرمال داشتند. آنالیز خوشه بندی، پروتئین ها را از نظر بیان به 2 خوشه اصلی تقسیم نمود که بیانگر وجود پروتئین هایی با بیان مشابه در هر خوشه است که این پروتئین ها می توانند عملکرد مشابهی را در شرایط آزمایش ارائه نمایند یا بیانگر حضور همه آن ها در مسیر بیولوژیکی مشترک است. آنالیز PCA نتایج حاصل از خوشه بندی را تایید نمود و نشان داد که داده های پروتئینی بر طبق شرایط آزمایش خوشه -بندی شده اند. بحث و نتیجه گیری: در نهایت می توان گفت که آنالیزهای آماری چند متغیره ای نظیر کلاسترینگ یا آنالیز همبستگی و آنالیز مولفه اصلی کمک می کند به شناسایی ژن ها و گروه هایی از ژن ها که باعث تبدیل بافت نرمال به یک مرحله بدخیمی می شود. برای شناسایی دسته های پروتئینی دخیل در مکانیسم ملکولی سرطان سرویکس نیاز به مشخص شدن نوع پروتئین ها است که باید توسط دستگاه اسپکتروفوتومتری جرمی تعیین هویت شوند. |
|
| کلیدواژه‌های فارسی مقاله |
سرطان دهانه رحم، پروتئوم، خوشه بندی، آنالیز مولفه اصلی |
|
| عنوان انگلیسی |
Proteomic Study of Cervical Cancer |
|
| چکیده انگلیسی مقاله |
Introduction: Cervical cancer is the second fatal cancer among women in developing countries and seventh in developed count-ries. Screening cervical cancer to find genes and proteins that play a role in the develop-pment of diagnostic and therapeutic biom-arker, in the other hand, molecular mech-anism of tumor genesis is also associated to the protein cluster that will change in dis-ease, so discovery of protein clusters appear to be necessary. In this study, for better resolution proteome of cervical cancer tissues is analyzed by proteomic techn-iques. Materials & Methods: Proteins extracted from the normal and cervical cancer tissues, then protein separated in first (IEF) depe-nding on their isoelectric pH on strip. Second dimensional SDS page elect-rophoresis to separate proteins by molecular weight was performed. For detecting prot-ein spots, both gels were silver stained. Finally for bioinformatics and statistical analysis (clustering analysis and principal component analysis) of proteins in the two groups was studied with the progenesis same spot software. Findings: Bioinformatics and statistical analysis of two-dimensional gel electroph-oresis techniques obtained 158 protein spots from both excremental groups. 19 protein spots were more expression in cancer than normal groups whereas 18 pro-teins in normal have more expression than cancer groups. Clustering analysis divided proteins into two main clusters that indi-cated there is an expressed protein is similar in each cluster which these proteins can provide similar performance in terms of testing or indicating its presence in the same biological pathway. PCA analysis confirmed the results of clustering and showed the protein has been classified in accordance with the test conditions. Discussion & Conclusion: According to the results we concluded that multivariate stati-stical analyzes such as clustering, principal component analysis or correlation analysis helps to identify genes and groups of genes that transform normal tissue to a malignant stage. To identify the protein classes invol-ved in molecular mechanisms of cervical cancer need to determine the type of protein that must be identified by mass spectr-ometry. |
|
| کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله |
|
|
| نویسندگان مقاله |
حکیمه زالی | h zali
هانیه فخار | h fakhar
مصطفی رضایی طاویرانی | m rezaee tavirani
اکبر اکبری | a akbari
|
|
| نشانی اینترنتی |
http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-220-59&slc_lang=fa&sid=fa |
| فایل مقاله |
فایلی برای مقاله ذخیره نشده است |
| کد مقاله (doi) |
|
| زبان مقاله منتشر شده |
fa |
| موضوعات مقاله منتشر شده |
ژنتیک |
| نوع مقاله منتشر شده |
پژوهشی |
|
|
|
برگشت به:
صفحه اول پایگاه |
نسخه مرتبط |
نشریه مرتبط |
فهرست نشریات
|