این سایت در حال حاضر پشتیبانی نمی شود و امکان دارد داده های نشریات بروز نباشند
تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران، جلد ۲۶، شماره ۲، صفحات ۱۵۶-۱۶۴
عنوان فارسی شناسایی miRNA‎ها و ژن‎های هدف مرتبط با آنها در گیاه شبدر قرمز (Trifolium pratense)
چکیده فارسی مقاله میکروآرنا‎ها (miRNA) یک رده از RNA‎های تنظیم‎کننده کوچک درونی و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 18-22 نوکلئوتید بوده و تنظیم بیان ژن را در سطح رونویسی و پس از رونویسی ژن بر عهده دارند و طبق تحقیقات انجام شده نقش‎های اساسی در فرایندهای نموی، زمان گلدهی و پاسخ به تنشهای زیستی و غیرزیستی ایفا می‎کنند. تاکنون روش‎های متفاوتی برای شناسایی miRNA‎ها، معرفی شده است که عبارتند از: روش نورترن بلات، ریزآرایه، qRT-PCR و روش‎های بیوانفورماتیکی. در این میان ساده‌ترین و کم‌هزینه‎ترین روش شناسایی miRNA‎ها، روش بیوانفورماتیکی می‎باشد. در این مطالعه با یک رویکرد بیوانفورماتیکی با هدف شناسایی miRNA متمایز در گیاه شبدر قرمز مبتنی بر جستجوی همولوژی بین EST‎های گیاه شبدر قرمز و miRNA‎ها انجام شد. به‎طوری‌که ابتدا در آن همه توالی‎های EST‎های گیاه شبدر قرمز از بانک اطلاعاتی NCBI در برابر miRNA‎های شناخته شده BLASTn شدند که در نهایت یک miRNA کاندید متمایز در گیاه شبدر قرمزشناسایی شد. در مجموع شش ژن هدف پیش‎بینی شده برای این miRNA نیز شناسایی شد و این ژن‎های هدف عمدتا کدکننده مونود هیدرو اسکوربات ردوکتاز1 ) برقراری تعادل گونه‎های فعال اکسیژن در چرخه اسکوربات-گلوتاتیون(، پروتئین FES1 )یک پروتئین حاوی دومین انگشت روی چسبنده به DNA)، پروتئین RHF2A )یوبی کوئیتین لیگاز E3 دخیل در پیشبرد گامتوژنز(، RNA هلیکاز وابسته به ATP )تعمیر و متابولیسم RNA)، پروتئین‎های انتقالی MFS )تسهیل‎کننده حرکت املاح کوچک از عرض غشای سلولی در پاسخ به گرادیانت شیمواسمزی( و در نهایت پروتئین AT-hook )یک موتیف متصل شونده به (DNA نیز بودند.
کلیدواژه‌های فارسی مقاله جستجوی همسانی، EST، بیوانفورماتیک، ژن‎های هدف، miRNA،
عنوان انگلیسی Identification of miRNAs and their target genes in red clover (Trifolium pretense)
چکیده انگلیسی مقاله MicroRNAs (miRNAs) are a group of 18_22 nucleotides long noncoding small endogenousthat derived from its precursor sequence and evolutionary conserved post-transcriptionalregulatory RNAs, which show an enormous role in various biological and metabolic processesin both animals and plants. MiRNA detection methods including microarray, qRT-PCR ,northern blot and bioinformatics methods in which the easiest and cheapest way to identifymiRNA is bioinformatics method. A bioinformatics approach was used to identify potentialmiRNA in red clover. EST-based homology search was applied to find potential miRNA of redclover. We blasted publicly available EST sequences obtained from NCBI GenBank againstpreviously known plant miRNAs. A total of six miRNA target genes based on theircomplementary sequences were also detected. Target genes encoding mono dehydro ascorbatereductase 1 play an important role in maintaining balance in the cycle of reactive oxygenspecies ascorbate-glutathione, FES1 proteins that contain zinc finger domain binding DNA,RHF2A gene encoding E3 ubiquitin-protein ligase involved in the positive regulation of thegametogenesis progression, RNA helicase ATP-dependent is involved in the RNA repair andmetabolism, Major facilitator superfamily (MFS) is a superfamily of membrane transportproteins that facilitate movement of small solutes across cell membranes in response tochemiosmotic gradients, AT-hook DNA binding motif protein.
کلیدواژه‌های انگلیسی مقاله Bioinformatics, EST, homology search, miRNA, target genes
نویسندگان مقاله محمد رضا نقوی |
نویسنده و مسئول مکاتبات، استاد، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران mnaghavi@ut.ac.ir : پست الکترونیک

علی اکبر کریمی |
دانشجوی کارشناسی ارشد، بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

نشانی اینترنتی http://ijrfpbgr.areeo.ac.ir/article_117954_41604d4dcb5b96f364a70df8e6f6185c.pdf
فایل مقاله اشکال در دسترسی به فایل - ./files/site1/rds_journals/712/article-712-1133845.pdf
کد مقاله (doi)
زبان مقاله منتشر شده fa
موضوعات مقاله منتشر شده
نوع مقاله منتشر شده
برگشت به: صفحه اول پایگاه   |   نسخه مرتبط   |   نشریه مرتبط   |   فهرست نشریات